男性不会消失，Y染色体也不会消失。这个问题可以从下面几点回答。
什么是性染色体
首先，什么是染色体。
人与人之间长相，身高，性别等的区别都是由基因决定的，基因是具有特定结构的碱基对，一个人有数万的基因，这些基因组成了人的DNA，DNA是双螺旋核糖核苷酸，而染色体就是DNA的载体，染色体是成对出现的。
然后，什么是性染色体
正常的一个人体内有23对染色体，其中有22对染色体在男女之间没有区别，我们叫做常染色体，另外一对染色体男女之间不同，我们叫做性染色体，通常女性的性染色体我们用XX表示，男性的性染色体我们用XY表示。这就是题主所说的决定男女性别的染色体了。
最后，性染色体的功能
性染色体的主要功能是区分了男女的性别。同时，性染色体也能够携带基因，但是相比常染色体来说，其携带的基因数量较少，且Y染色体比X染色体携带的基因还少。
男性消失不符合生物繁衍生息的基本规律
决题主所说的定男性性别的Y染色体却比X染色体缩小了三分之二，这是一个被证实的现象，但是并不意味着Y染色体会一直缩小直到消失，进而导致男性消失。
第一，Y染色体的缩小只是人类进化的结果，表明Y染色体上的某些基因已经没有存在的必要，染色体的缩小没有对男性造成任何影响，只是生物进化的一种表现罢了，不必夸大其词。
第二，人类是需要繁衍的，这是人类作为生物的本能，如果男性消失了，人类也将就此灭亡了。
第三，作为一种高级生物，我们人类的进化同样遵守着大自然的法则，遵守着生物群体想壮大自己种族的本性，这一点是毋庸置疑的，所以根据这种规律，人类也不会朝着自我灭绝的方向进化。
